实验方法按四个环节组展开,学生交互操作在此基础上细化为 22 个步骤——两种口径分别对应方法环节与交互步骤。
载入数据集并登记来源与许可;设定质控阈值并运行质控;归一化与高变基因选取;批次校正并核对样本分组。
图谱映射获得细胞状态向量;零样本细胞类型注释;模型微调与配置比较;轨迹推断与轨迹相关基因识别。
虚拟基因敲除预测;药物扰动模拟;设置未扰动细胞对照与按扰动基因留一的零样本测试并计算相关性指标 r。
生成表达矩阵热图、细胞注释图、轨迹图与扰动差异基因图;判读结果并对照已知调控关系、通路知识与文献结论。
下列 22 个步骤均为实质性实验交互,系统加载之类的操作不计入。每一步均设有可量化的目标达成度赋分模型,合计 100 分。点击左侧任一步骤查看完整操作说明。
约 50 分钟,文献阅读与视频学习提前一周布置,课前合计约 2 学时。
课中 99 分钟,依据平台记录的操作完成度、参数设置合理性与方案迭代轨迹生成。
课后约 120 分钟,含报告四要素评定与汇报答辩表现。
| 分段 | 步骤区间 | 分值 | 用时 | 评价方式 |
|---|---|---|---|---|
| 课前预习 | 步骤 1—4 | 10 分 | 约 50 分钟 | 任务书解析、文献要点、预习自测、方案备案 |
| 阶段一 · 数据获取与预处理 | 步骤 5—10 | 23 分 | 课中约 40 分钟 | 数据登记、质控阈值、归一化与批次校正 |
| 阶段二 · 细胞状态表征与轨迹推断 | 步骤 11—16 | 26 分 | 课中约 45 分钟 | 图谱映射、注释复核、模型微调、轨迹推断 |
| 阶段三 · 扰动响应预测与评测 | 步骤 17—20 | 21 分 | 课中约 30 分钟 | 基因敲除、药物扰动、对照设置与指标评测 |
| 课后拓展与交付 | 步骤 21—22 | 20 分 | 约 120 分钟 | 结果判读、实验报告、汇报答辩 |
| 合计 | 22 步 | 100 分 | 8 学时 | 过程性评价 80% + 结果性评价 20% |